HTS topológia vizsgálat
Bár az elméleti topológia becslő módszerek pontossága magas, teljes fehérjére nézve azonban a fehérjék kb 70-80%-ban képesek csak pontos topológiát becsülni. A transzmembrán fehérjék topológia igazolására használt molekuláris-biológiai kísérleti módszerek (epitóp inszerció, glikoziláltság vizsgálata stb) igen lassúak és költségesek, ráadásul, ha a fehérjén egy nem megfelelő pozícióban végeznek módosítást (funkcionális helyek, membránba ágyazott régiók stb), akkor az eredmények nehezen értelmezhetőek, vagy félrevezetőek. Ugyanakkor egyetlen jól elvégzett kísérlet eredményét a rejtett Markov módszert használó topológia becslő módszerbe, mint megszorítást beépítve sokkal pontosabb becslést kapunk, amely eredményt a további kísérletek tervezéséhez felhasználhatunk.
Témához kapcsolodó közlemények
-
Tálas A, Huszár K, Kulcsár PI, Varga JK, Varga É, Tóth E, Welker Zs, Erdős G, Pach PF, Welker Á, Györgypál Z, Tusnády GE és Welker E (2021) A method for characterizing Cas9 variants via a one-million target sequence library of self-targeting sgRNAs Nucleic Acids Res 49, e31.
-
Langó T, Pataki ZG, Turiák L, Ács A, Varga JK, Várady, G, Kucsma, N, Drahos, L és Tusnády GE (2020) Partial Proteolysis Improves the Identification of the Extracellular Segments of Transmembrane Proteins by Surface Biotinylation Scientific Reports 10, 8880.
-
Muller, A, Lango, T, Turiak, L, Acs, A, Varady, G, Kucsma, N, Drahos, L és Tusnady, GE (2019) Covalently modified carboxyl side chains on cell surface leads to a novel method toward topology analysis of transmembrane proteins Scientific Reports 9, 15729.
-
Lango T, Rona G, Hunyadi-Gulyas E, Turiak L, Varga J, Dobson L, Varady Gy, Drahos L, Vertessy BG, Medzihradszky FK, Szakacs G és Tusnady GE (2017) Identification of extracellular segments by mass spectrometry improves topology prediction of transmembrane proteins Scientific Reports 7, 42610.
-
Dobson L, Lango T, Remenyi I és Tusnady GE (2015) Expediting topology data gathering for the TOPDB database. Nucleic Acids Res 43, D283-9.
