MBK
Membrane Protein Bioinformatics Research Group
Itt vagy: Kutatás » 3D szerkezet becslés

3D szerkezet becslés

A transzmembrán fehérjék topológiája igen pontosan becsülhető az aminosav szekvencia alapján. A becsült topológia adatokat felhasználva olyan eljárást dolgoztunk ki (TMFoldWeb), amelynek segítségével a transzmembrán fehérjék membránba ágyazott részeinek szerkezetét tudjuk modellezni. Ehhez felhasználjuk a transzmembrán hélixek között kialakuló lehetséges becsült kontaktusokat, valamint a különböző transzmembrán fehérjék membránba ágyazott részeinek feltekeredése („foldja”) közötti különbözőséget („fold recognition”, „threading”).

Témához kapcsolodó közlemények

  1. Dobson L, Szekeres LI, Gedán C, Langó T, Zeke A és Tusnády GE (2023) TmAlphaFold database: membrane localization and evaluation of AlphaFold2 predicted alpha-helical transmembrane protein structures Nucleic Acids Research , .
  2. Dobson L és Tusnády GE (2021) MemDis: Predicting Disordered Regions in Transmembrane Proteins Int. J. Mol. Sci. 22, 12270.
  3. Czimer D, Porok K, Csete D, Gyüre Zs, Lavró V, Fülöp K, Chen Z, Gyergyák H, Tusnády GE, Burgess SM, Mócsai A, Váradi A és Varga M (2021) A New Zebrafish Model for Pseudoxanthoma Elasticum Front Cell Dev Biol 9, 628699.
  4. Csizmadia, G, Farkas, B, Katona, E, Tusnády, GE és Hegedűs, T (2020) Using MemBlob to Analyze Transmembrane Regions Based on Cryo-EM Maps. Methods Mol Biol. 2112, 123-30.
  5. Farkas, B, Csizmadia, G, Katona, E, Tusnady, GE és Hegedűs, T (2020) MemBlob database and server for identifying transmembrane regions using cryo-EM maps Bioinformatics 36, 2595-98.
  6. Vargja, JK és Tusnady, GE (2019) The TMCrys server for supporting crystallization of transmembrane proteins. Bioinformatics 35, 4203-4.
  7. Varga J és Tusnady, GE (2018) TMCrys: predict propensity of success for transmembrane protein crystallization. Bioinformatics , .
  8. Varga J, Dobson L, Remenyi I és Tusnady GE (2017) TSTMP: target selection for structural genomics of human transmembrane proteins. Nucleic Acids Res 45, D325-330.
  9. Kozma D és Tusnady GE (2015) TMFoldWeb: a web server for predicting transmembrane protein fold class. Biol Direct 10, 54.
  10. Kozma D és Tusnady GE (2015) TMFoldRec: a statistical potential-based transmembrane protein fold recognition BMC Bioinformatics 16, 201.
  11. Kozma D, Simon I és Tusnady GE (2013) PDBTM: Protein Data Bank of transmembrane proteins after 8 years. Nucleic Acids Res 41, D524-9.
  12. Kozma D, Simon I és Tusnady GE (2012) CMWeb: an interactive on-line tool for analysing residue-residue contacts and Nucleic Acids Res 40, W329-33.
Kövessen bennünket facebook twitter |  MTA |  TTK |  Enzimológiai Intézet |  © Copyright |  Impresszum