MBK
Membrane Protein Bioinformatics Research Group
Itt vagy: Kutatás » Topológia becslő eljárások

Topológia becslő eljárások

A csoportvezető a 90-es évek vége óta foglalkozik transzmembrán fehérjék szekvencia analízisével és jelentős eredményeket ért el ezen fehérjék topológia becslése területén. A legújabb kutatásokban olyan eljárást dolgoztunk ki, amelyben egyrészt figyelembe vesszük a jelenleg legnagyobb pontossággal becslő algoritmusok becslését, másrészt olyan topológiai adatokat, amelyeket kísérletes eszközökkel határoztak meg, vagy valamilyen bioinformatika megfigyelés eredménye. A kidolgozott konszenzus, megszorításokat alkalmazó eljárás (CCTOP) az eddigi legpontosabb topológia becslő eljárás, amelyet felhasználtunk az emberi transzmembrán proteom (HTP adatbázis) létrehozásában is.

Témához kapcsolodó közlemények

  1. Dobson L, Szekeres LI, Gedán C, Langó T, Zeke A és Tusnády GE (2023) TmAlphaFold database: membrane localization and evaluation of AlphaFold2 predicted alpha-helical transmembrane protein structures Nucleic Acids Research , .
  2. Bakos É, Németh O, Kucsma N, Tőkési N, Stieger B, Rushing E, Tőkés A, Kele P, Tusnády GE és Özvegy-Laczka Cs (2022) Cloning and characterization of a novel functional organic anion transporting polypeptide 3A1 isoform highly expressed in the human brain and testis Frontiers in Pharmacology 13, 958023.
  3. Dobson L és Tusnády GE (2021) MemDis: Predicting Disordered Regions in Transmembrane Proteins Int. J. Mol. Sci. 22, 12270.
  4. Czimer D, Porok K, Csete D, Gyüre Zs, Lavró V, Fülöp K, Chen Z, Gyergyák H, Tusnády GE, Burgess SM, Mócsai A, Váradi A és Varga M (2021) A New Zebrafish Model for Pseudoxanthoma Elasticum Front Cell Dev Biol 9, 628699.
  5. Dobson L, Zeke A és Tusnády GE (2021) PolarProtPred: Predicting apical and basolateral localization of transmembrane proteins using putative short linear motifs and deep learning. Bioinformatics , btab480.
  6. Zeke A, Dobson L, Szekeres LI, Langó T és Tusnády GE (2021) PolarProtDb: A Database of Transmembrane and Secreted Proteins showing Apical-Basal Polarity J Mol Biol 433, 166705.
  7. Kozák E, Szikora B, Iliás A, Jani PK, Hegyi Z, Matula Zs, Dedinszki D, Tőkési N, Fülöp K, Pomozi V, Várady Gy, Bakos É, Tusnády GE, Kacskovics I és Váradi A (2020) Creation of the first monoclonal antibody recognizing an extracellular epitope of hABCC6 FEBS Lett 595, 789-798.
  8. Bakos É, Tusnády GE, Német O, Patik I, Magyar C, Németh K, Kele P és Özvegy- Laczka C (2020) Synergistic transport of a fluorescent coumarin probe marks coumarins as pharmacological modulators of Organic anion-transporting polypeptide, OATP3A1 Biochem Pharmacol. , .
  9. Langó T, Pataki ZG, Turiák L, Ács A, Varga JK, Várady, G, Kucsma, N, Drahos, L és Tusnády GE (2020) Partial Proteolysis Improves the Identification of the Extracellular Segments of Transmembrane Proteins by Surface Biotinylation Scientific Reports 10, 8880.
  10. Vargja, JK és Tusnady, GE (2019) The TMCrys server for supporting crystallization of transmembrane proteins. Bioinformatics 35, 4203-4.
  11. Muller, A, Lango, T, Turiak, L, Acs, A, Varady, G, Kucsma, N, Drahos, L és Tusnady, GE (2019) Covalently modified carboxyl side chains on cell surface leads to a novel method toward topology analysis of transmembrane proteins Scientific Reports 9, 15729.
  12. Varga J és Tusnady, GE (2018) TMCrys: predict propensity of success for transmembrane protein crystallization. Bioinformatics , .
  13. Lango T, Rona G, Hunyadi-Gulyas E, Turiak L, Varga J, Dobson L, Varady Gy, Drahos L, Vertessy BG, Medzihradszky FK, Szakacs G és Tusnady GE (2017) Identification of extracellular segments by mass spectrometry improves topology prediction of transmembrane proteins Scientific Reports 7, 42610.
  14. Varga J, Dobson L, Remenyi I és Tusnady GE (2017) TSTMP: target selection for structural genomics of human transmembrane proteins. Nucleic Acids Res 45, D325-330.
  15. Varga J, Dobson L és Tusnady GE (2016) TOPDOM: database of conservatively located domains and motifs in proteins. Bioinformatics 32, 2725-2726.
  16. Dobson L, Remenyi I és Tusnady GE (2015) The human transmembrane proteome. Biol Direct 10, 31.
  17. Dobson L, Remenyi I és Tusnady GE (2015) CCTOP: a Consensus Constrained TOPology prediction web server. Nucleic Acids Res 43, W408-12.
  18. Kiss K, Kucsma N, Brozik A, Tusnady GE, Bergam P, van Niel G és Szakacs G (2015) Role of the N-terminal transmembrane domain in the endo-lysosomal targeting and Biochem J 467, 127-39.
  19. Dobson L, Lango T, Remenyi I és Tusnady GE (2015) Expediting topology data gathering for the TOPDB database. Nucleic Acids Res 43, D283-9.
  20. Tusnady GE és Simon I (2010) Topology prediction of helical transmembrane proteins: how far have we reached? Curr Protein Pept Sci 11, 550-61.
  21. Tusnady GE, Kalmar L, Hegyi H, Tompa P és Simon I (2008) TOPDOM: database of domains and motifs with conservative location in Bioinformatics 24, 1469-70.
  22. Tusnady GE, Kalmar L és Simon I (2008) TOPDB: topology data bank of transmembrane proteins. Nucleic Acids Res 36, D234-9.
Kövessen bennünket facebook twitter |  MTA |  TTK |  Enzimológiai Intézet |  © Copyright |  Impresszum